虚拟定向进化实验
四种策略、相同预算（3 轮 × 每轮 12 次虚拟实验）、相同候选空间、相同预测模型。 每轮结束后新数据并入训练集并重新训练模型，形成完整的「提出假设 → 做实验 → 拿反馈 → 再迭代」闭环。
离线规则引擎与基线的重复实验
8 个随机种子，每次 36 次实验。Rule-Agent 使用离线规则引擎，此表不代表真实 LLM 的成功率。
Rule-Agent+KB
0
标准差 ±0.00 ·
成功率 100%
（8/8）
Rule-Agent
0
标准差 ±0.25 ·
成功率 88%
（7/8）
Model-Greedy
0
标准差 ±1.52 ·
成功率 38%
（3/8）
Random
0
标准差 ±0.00 ·
成功率 0%
（0/8）
🏆
这些结果描述固定数据划分和 8 个种子下的观测。真实 LLM 主实验、离线规则引擎重复实验和规则证据消融分别统计；
累计最优值天然不会下降，评估推荐质量还需同时查看批次均值、命中率和失败候选。
规则证据消融：完整三轮实验
两组使用相同种子、数据、模型与预算，仅切换规则是否采用双突变中的补偿证据。此消融使用离线后端。
| 策略 | 最终最优均值 ± 标准差 | 找到全局最优 | 批次平均 fitness |
|---|---|---|---|
| Rule-Agent+KB-static | 8.762 ± 0.000 | 8/8 | 4.275 |
| Rule-Agent+KB | 8.762 ± 0.000 | 8/8 | 4.266 |
主实验逐轮过程
每种策略一次 campaign；主实验后端：api
累计发现的最优适应度
起点 5.39，
真实全局最优 8.76
每轮送检批次的平均真实适应度
衡量「这一批实验有没有浪费」
累计命中数
真实适应度超过起点最优的候选个数
模型 Spearman 随轮次的变化
高阶评估池逐轮剔除已送检变体，评价集合略有变化
单次 campaign 总结
相同预算下四种策略的完整对比
| 策略 | 起点 | 最终最优 | 最终最优变体 | 绝对提升 | 提升倍数 | 总实验数 | 命中数 | 命中率 | 批次均值 | 模型 ρ 变化 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| LLM-Agent | 5.391 | 8.762 | FWAA | +3.371 | 1.63× | 36 | 7 | 19.4% | 4.231 | 0.469 → 0.468 |
| LLM-Agent+KB | 5.391 | 8.762 | FWAA | +3.371 | 1.63× | 36 | 9 | 25.0% | 4.430 | 0.469 → 0.472 |
| Model-Greedy | 5.391 | 5.772 | IWGF | +0.381 | 1.07× | 36 | 4 | 11.1% | 4.304 | 0.469 → 0.465 |
| Random | 5.391 | 5.391 | VWGF | +0.000 | 1.00× | 36 | 0 | 0.0% | 0.204 | 0.469 → 0.486 |
每轮推荐明细
展开查看每个策略每一轮提出的候选、推荐理由与虚拟实验回读结果
Random 第 1 轮 model 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 147,193 本批最高 0.07
批次评价：随机基线，不做任何筛选。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| KYTG Top-2 | V39K + D40Y + G41T + V54G | 0.15 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| DAHY | V39D + D40A + G41H + V54Y | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| SKVI | V39S + D40K + G41V + V54I | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| MQMM Top-4 | V39M + D40Q + G41M + V54M | 0.02 | 0.03 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| QEII | V39Q + D40E + G41I + V54I | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| VFIY | D40F + G41I + V54Y | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| DCSK | V39D + D40C + G41S + V54K | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| KVND Top-3 | V39K + D40V + G41N + V54D | 0.07 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| DFHP | V39D + D40F + G41H + V54P | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| QYRE | V39Q + D40Y + G41R + V54E | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| YMQM Top-5 | V39Y + D40M + G41Q + V54M | 0.02 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| FISS Top-1 | V39F + D40I + G41S + V54S | 0.30 | 0.07 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
Random 第 2 轮 model 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 147,181 本批最高 0.02
批次评价：随机基线，不做任何筛选。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| NFLM | V39N + D40F + G41L + V54M | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| LFIE | V39L + D40F + G41I + V54E | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| VTYC Top-4 | D40T + G41Y + V54C | 0.04 | 0.02 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| LCNC Top-1 | V39L + D40C + G41N + V54C | 0.10 | 0.02 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| KGVI | V39K + D40G + G41V + V54I | 0.02 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| TKLW | V39T + D40K + G41L + V54W | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| SNSC | V39S + D40N + G41S + V54C | 0.03 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| NASN Top-5 | V39N + D40A + G41S + V54N | 0.04 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| PYEL | V39P + D40Y + G41E + V54L | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| FVTC Top-3 | V39F + D40V + G41T + V54C | 0.05 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| DEIV | V39D + D40E + G41I | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| WNYN Top-2 | V39W + D40N + G41Y + V54N | 0.06 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
Random 第 3 轮 model 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 147,169 本批最高 3.40
批次评价：随机基线，不做任何筛选。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| FGDL | V39F + D40G + G41D + V54L | 0.03 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| LDLT Top-2 | V39L + G41L + V54T | 0.99 | 2.27 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| SELT Top-5 | V39S + D40E + G41L + V54T | 0.05 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| SMMP | V39S + D40M + G41M + V54P | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| VYEG | D40Y + G41E + V54G | 0.03 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| NCFN | V39N + D40C + G41F + V54N | 0.03 | 0.02 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| ELAV | V39E + D40L + G41A | 0.01 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| QPGP | V39Q + D40P + V54P | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| INCG Top-1 | V39I + D40N + G41C + V54G | 1.16 | 3.40 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| CFDA Top-4 | V39C + D40F + G41D + V54A | 0.05 | 0.01 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| LMMG Top-3 | V39L + D40M + G41M + V54G | 0.16 | 1.42 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
| MDKK | V39M + G41K + V54K | 0.00 | 0.00 | baseline RANDOM |
随机抽取（无模型指导） |
Model-Greedy 第 1 轮 model 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 147,193 本批最高 5.40
批次评价：纯模型贪心，不做规则审查与多样性控制。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| VHAA Top-1 | D40H + G41A + V54A | 5.44 | 5.11 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| WDLT Top-2 | V39W + G41L + V54T | 4.85 | 2.54 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IHAA Top-3 | V39I + D40H + G41A + V54A | 4.32 | 4.71 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VHFG Top-4 | D40H + G41F + V54G | 4.30 | 4.17 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| FDCA Top-5 | V39F + G41C + V54A | 4.20 | 2.27 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LDCA | V39L + G41C + V54A | 4.11 | 4.16 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VYAA | D40Y + G41A + V54A | 4.02 | 5.16 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VNAA | D40N + G41A + V54A | 3.96 | 5.40 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IYGC | V39I + D40Y + V54C | 3.95 | 4.49 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IDAA | V39I + G41A + V54A | 3.95 | 3.93 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IYGN | V39I + D40Y + V54N | 3.80 | 3.67 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LYGC | V39L + D40Y + V54C | 3.75 | 4.34 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
Model-Greedy 第 2 轮 model 起点 VNAA = 5.40 · 候选池 147,181 本批最高 5.50
批次评价：纯模型贪心，不做规则审查与多样性控制。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| IYAA Top-1 | V39I + D40Y + G41A + V54A | 4.79 | 4.43 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VRAA Top-2 | D40R + G41A + V54A | 4.62 | 5.34 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LYAA Top-3 | V39L + D40Y + G41A + V54A | 4.51 | 4.89 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LHAA Top-4 | V39L + D40H + G41A + V54A | 4.35 | 4.10 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VNFG Top-5 | D40N + G41F + V54G | 4.28 | 3.88 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IRAA | V39I + D40R + G41A + V54A | 4.21 | 5.50 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| CYGM | V39C + D40Y + V54M | 4.15 | 3.48 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| INAA | V39I + D40N + G41A + V54A | 4.08 | 4.99 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| CYGC | V39C + D40Y + V54C | 3.99 | 3.57 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VCFG | D40C + G41F + V54G | 3.98 | 3.94 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| CWGM | V39C + D40W + V54M | 3.96 | 3.99 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IWGC | V39I + D40W + V54C | 3.75 | 3.95 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
Model-Greedy 第 3 轮 model 起点 IRAA = 5.50 · 候选池 147,169 本批最高 5.77
批次评价：纯模型贪心，不做规则审查与多样性控制。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 |
|---|---|---|---|---|---|
| LRAA Top-1 | V39L + D40R + G41A + V54A | 4.52 | 4.65 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LNAA Top-2 | V39L + D40N + G41A + V54A | 4.21 | 4.41 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LNCA Top-3 | V39L + D40N + G41C + V54A | 4.12 | 5.74 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LHCA Top-4 | V39L + D40H + G41C + V54A | 3.76 | 4.82 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| INCA Top-5 | V39I + D40N + G41C + V54A | 3.75 | 5.37 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LWGC | V39L + D40W + V54C | 3.71 | 3.50 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| VSFG | D40S + G41F + V54G | 3.65 | 3.78 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| FWGM | V39F + D40W + V54M | 3.64 | 3.36 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IHCA | V39I + D40H + G41C + V54A | 3.63 | 4.78 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| IWGF | V39I + D40W + V54F | 3.59 | 5.77 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| LVCA | V39L + D40V + G41C + V54A | 3.58 | 4.48 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
| CFGM | V39C + D40F + V54M | 3.57 | 2.30 | baseline GREEDY |
模型预测适应度全局 Top-B（纯利用） |
LLM-Agent 第 1 轮 api 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 316 本批最高 8.05
🔍
2168个变体仅10.1%超野生型；当前最优VWGF(D40W+V54F)=5.391。位点40影响最大，15个有益单点且无低功能，D40W/Y最优；39和54次之，但分别有12/6个低功能；位点41无有益单点、18个低功能。Top变体多为双突变，含D40W/Y或V39L/I，部分组合显示正向上位效应。
本轮假设
H1
exploit
将VWGF的40位W替换为Y，保留54F，测试D40Y+V54F是否超过5.391。
D40Y单点3.89与W相当，且V39L+D40Y=5.075高于加性；Y的羟基可能重塑40-54界面，与F54产生新堆积。
H2
recombine
在VWGF骨架上引入V39L/I，构建39L/W40/F54与39I/W40/F54。
V39L+D40Y=5.075高于单点加性，显示39-40正上位；L/I可填充疏水核心，可能协同W40/F54提升稳定性。
H3
epistasis
固定40位W/H，测试54位M/C/A，寻找优于V54F的非加性组合。
D40H+V54M=4.774、D40W+V54C=4.239，说明40-54存在非加性；不同体积/极性可优化疏水口袋。
H4
exploit
保持41位为G，不引入突变；将突变预算集中于39/40/54。
41位无有益单点且18个低功能，WT G均值0.54/最高5.39高于其他残基；突变41风险高，保留G最安全。
H5
explore
在D40W背景下测试39位F/C，探索39-40芳香/含硫协同。
Top变体含V39F/C与D40W/Y组合；39位虽多低功能，但F/C可能通过芳香或硫-π作用与W40协同，需小库验证。
批次评价：整批多数量组合低于VWGF，仅VHAA略高但不确定大；建议优先验证IWGF/VHAA，Cys候选需氧化对照，其余作探索。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| VHAA Top-1 | D40H + G41A + V54A | 5.44 | 5.11 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IYGC Top-2 | V39I + D40Y + V54C | 3.95 | 4.49 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IDAA Top-3 | V39I + G41A + V54A | 3.95 | 3.93 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FYAA Top-4 | V39F + D40Y + G41A + V54A | 3.72 | 8.05 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FWGM Top-5 | V39F + D40W + V54M | 3.49 | 3.36 | llm_seed H5 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWGF | V39I + D40W + V54F | 3.45 | 5.77 | llm_seed H2 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| CYGM | V39C + D40Y + V54M | 3.44 | 3.48 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IHGM | V39I + D40H + V54M | 3.15 | 3.74 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LWGC | V39L + D40W + V54C | 3.12 | 3.50 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LYAA | V39L + D40Y + G41A + V54A | 3.28 | 4.89 | recombine 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| VWAA | D40W + G41A + V54A | 3.11 | 6.12 | recombine 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| FDAA | V39F + G41A + V54A | 2.96 | 2.48 | recombine 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
LLM-Agent 第 2 轮 api 起点 FYAA = 8.05 · 候选池 411 本批最高 8.76
🔍
2180个变体，中位适应度0.020，10.6%超野生型。位点40影响最大，D40Y/W/H/F等15种替换有益且无低功能；位点39、54有中等上升空间但有低功能替换；位点41无有益单点且18种低功能。最优FYAA为V39F+D40Y+G41A+V54A，适应度8.045，高于最佳单点3.901，提示组合效应。
本轮假设
H1
exploit
在FYAA骨架上测试D40W/H/F替代D40Y，筛选更高适应度变体。
位点40为耐受热点，W/H/F单点均有益且无低功能；W单点3.90略高于Y的3.89，骨架中39F/41A/54A可能改变最优残基。
H2
exploit
将位点54的A替换为C，并与40W/Y组合，检验54C在FYAA中的增益。
54C单点1.41高于54A的1.37，且与40有益突变常共现；54C与40W/Y组合未测，可能通过局部堆积提升稳定性或活性。
H3
recombine
重组39位已知有益I/L与40Y/W及54A/C，构建V39I/L+D40Y/W+G41A+V54A/C。
39I/L是位点39仅有的有益单点，54A/C亦有益；FYAA含非单点有益的39F，替换为I/L可能与40Y/G41A产生新的正上位组合。
H4
epistasis
检验39F与40Y/G41A的上位依赖：构建39F+40W/H/F+41A+54A及39I/L+40Y+G41A+54A。
39F单点未列有益，却在FYAA中与40Y/41A共现；41A单点无益但Top含A，提示三者存在正上位。系统改变39/40组合可验证并优化该网络。
H5
explore
探索39/54位未测但性质相容的替换（39M/T、54S/T）在FYAA背景下的组合效应。
39/54选择窄且多低功能，但骨架可缓冲部分风险；M/T/S与F/A/C疏水性相近，可能通过微调核心堆积产生新有益上位，即使单点中性。
批次评价：整批围绕FYAA骨架及39/40/54组合探索，设计总体合理；IYAA最接近亲本且预测高，建议优先验证。含Cys/Met/Trp/His及高不确定探索宜作次级实验。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| VYAA Top-1 | D40Y + G41A + V54A | 6.52 | 5.16 | hypothesis_expansion 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IHAA Top-3 | V39I + D40H + G41A + V54A | 5.49 | 4.71 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FWAA Top-4 | V39F + D40W + G41A + V54A | 5.16 | 8.76 | llm_seed H1 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FYGA Top-5 | V39F + D40Y + V54A | 4.52 | 5.44 | hypothesis_expansion 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LYGC | V39L + D40Y + V54C | 4.23 | 4.34 | hypothesis_expansion H3 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWGM | V39I + D40W + V54M | 4.01 | 5.23 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IYAA Top-2 | V39I + D40Y + G41A + V54A | 6.28 | 4.43 | llm_seed H3 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| IYGF | V39I + D40Y + V54F | 3.60 | 3.36 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IFGC | V39I + D40F + V54C | 3.54 | 3.17 | residue_enumeration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| MYAC | V39M + D40Y + G41A + V54C | 2.56 | 1.49 | residue_enumeration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| FYAT | V39F + D40Y + G41A + V54T | 2.38 | 1.86 | hypothesis_expansion 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| YYAC | V39Y + D40Y + G41A + V54C | 2.05 | 0.84 | random_exploration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
LLM-Agent 第 3 轮 api 起点 FWAA = 8.76 · 候选池 383 本批最高 6.93
🔍
四个位点中，40位提升最大且无低功能单点，D40W/Y/H/F等15个替换有益；39位波动大，I/L有益但12个低功能；54位A/C/M有益，A常见于高适应组合；41位最敏感，18个低功能，仅A在组合中出现。最优FWAA(V39F+D40W+G41A+V54A)=8.762，远高于最佳单点3.901，提示上位效应。
本轮假设
H1
exploit
固定D40W/G41A/V54A，测试V39I/L替代F，筛选是否超FWAA。
39位I/L单点有益，IWGF=5.772且高适应组合多用F/I；骨架V39F可能非最优，I/L可调疏水堆积并与W/A上位。
H2
exploit
在FWAA中测试V54F/C/M替代A，重点V54F，检验组合适应度是否超8.762。
54位A/C/M有益，V54F见于高适应组合；F可增强疏水/芳香堆积，与D40W、V39F可能产生正上位，C/M提供极性微调。
H3
epistasis
在WAA背景下测试D40Y/H/F替代W，配对V54A/F，检验能否突破8.762。
40位15个有益且W/Y单点最高，Top10均含W/Y；H与V54A组合达5.11，Y/H/F可能通过芳香/极性重排与54位产生更强上位。
H4
recombine
固定G41A，重组39F/I、40W/Y、54A/F八组合，筛选超骨架变体。
FWAA=8.762，VWAA/VWGF/VHAA显示组合上位；41位仅A常见高适应，固定A降风险，重组历史优势可快速找到加性/上位最优。
H5
explore
保持D40W/V54A，测试G41S/T/V替代A，检验是否缓解41位敏感。
41位最敏感，18个低功能，仅A常见于高适应组合；S/T/V体积或极性不同，可能容忍并改善局部构象，但属探索，风险高。
批次评价：本批无明确不合理候选；多数保留核心，但预测均低于亲本。建议优先FFAA、IWAA、LHAA；含Cys候选需控制氧化与二硫风险。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| FFAA Top-1 | V39F + D40F + G41A + V54A | 5.92 | 6.93 | hypothesis_expansion H3 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| IWAA Top-2 | V39I + D40W + G41A + V54A | 5.69 | 6.04 | llm_seed H1 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| FWGA Top-3 | V39F + D40W + V54A | 4.59 | 4.95 | hypothesis_expansion 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LHAA Top-4 | V39L + D40H + G41A + V54A | 4.41 | 4.10 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IYGM Top-5 | V39I + D40Y + V54M | 4.11 | 3.77 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LWGM | V39L + D40W + V54M | 4.08 | 4.07 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWGC | V39I + D40W + V54C | 3.79 | 3.95 | residue_enumeration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| CYGC | V39C + D40Y + V54C | 3.59 | 3.57 | residue_enumeration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IHGF | V39I + D40H + V54F | 3.21 | 2.84 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FHCA | V39F + D40H + G41C + V54A | 2.48 | 3.31 | random_exploration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| FNCA | V39F + D40N + G41C + V54A | 2.91 | 3.75 | random_exploration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| FYSA | V39F + D40Y + G41S + V54A | 1.24 | 1.32 | residue_enumeration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
LLM-Agent+KB 第 1 轮 api 起点 VWGF = 5.39 · 候选池 467 本批最高 8.05
🔍
2168个变体中，位点40对适应度提升最大，D40W/Y/H/F等15个替换有益，D40W单点3.90。位点39、54次之，V39L/I、V54C/A有益但伴随较多低功能。位点41单点普遍低功能（0有益，18低功能），但与V54、V39组合出现强正上位，如G41A+V54A达4.158。最优变体VWGF(D40W+V54F)为5.391；637对双突变呈符号上位。
本轮假设
H1
epistasis
在VWGF骨架将G41改为A/C/L，预期41-54上位使适应度超过5.391。
41单点低功能但A/C与54A/G有强正上位；41主链受限，小侧链A/C缓解张力，54F疏水核可补偿。BLOSUM62 G→A=0、G→C=-3、G→L=-4，含1个激进替换，符合规则。
H2
recombine
在VWGF中将V39改为L或I，预期增强疏水堆积使适应度≥5.391。
V39L/I单点有益，LYGV/IYGV组合达5.075/4.388。位点39部分埋藏于Fc界面边缘，L/I体积167、疏水性高，有利界面堆积；BLOSUM62 V→I=3、V→L=1，保守替换。
H3
epistasis
在VWGF同时引入V39W与G41L/F，预期利用强正上位突破5.391。
观测V39W+G41L/F上位+3.720/+3.217。39/41处于37-41环，W增大芳香疏水界面，L/F补偿G41主链张力；BLOSUM62 V→W=-3、G→L=-4，两激进替换符合上限。
H4
exploit
在VWGF中将D40W换为Y/H/F，预期芳香/氢键接触维持或提高适应度。
位点40溶剂暴露界面热点，野生D负电。Y/H/F芳香可新增接触，Y可形成OH氢键，H可pH依赖相互作用；单点D40Y/H/F为3.89/3.08/3.05，与54F可能协同。
H5
explore
在VWGF中将V54F换为C/A/G，预期缓解β核过度堆积并保留41协同。
54埋藏β4疏水核，忌脯氨酸/强极性。C/A体积108/89，β股倾向1.19/0.83，较F(190)减轻空间冲突；V54C/A单点有益，G41A+V54A达4.158，但疏水不足需验证。
批次评价：本批多为重组/上位探索，多数含已验证有益与风险突变；优先验证VHAA与IWGF，其余谨慎；WDLT/WDFA双功能丧失突变应剔除。；总体：三条均只宜作实验探索，不建议直接替代VWGF；若必选，优先LWGC，因其含历史有益单点且不确定度低，但须排查V54C。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| VHAA Top-1 | D40H + G41A + V54A | 5.44 | 5.11 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| VHFG Top-2 | D40H + G41F + V54G | 4.30 | 4.17 | epistasis_extension 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FWGM | V39F + D40W + V54M | 3.49 | 3.36 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWGF | V39I + D40W + V54F | 3.45 | 5.77 | llm_seed H2 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IDAA Top-4 | V39I + G41A + V54A | 3.95 | 3.93 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IYGC Top-3 | V39I + D40Y + V54C | 3.95 | 4.49 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IHGM | V39I + D40H + V54M | 3.15 | 3.74 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FYAA Top-5 | V39F + D40Y + G41A + V54A | 3.72 | 8.05 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LWGC | V39L + D40W + V54C | 3.12 | 3.50 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LWAA | V39L + D40W + G41A + V54A | 2.26 | 6.03 | recombine 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| WDLA | V39W + G41L + V54A | 2.59 | 3.11 | epistasis_extension 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| WDFT | V39W + G41F + V54T | 3.26 | 1.71 | epistasis_extension 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
LLM-Agent+KB 第 2 轮 api 起点 FYAA = 8.05 · 候选池 541 本批最高 8.76
🔍
2180个变体中仅10.6%超野生型，适应度中位数0.020。位点40贡献最大，D40Y/W/H/F均为有益单点，D40Y/W单点约3.9。最优FYAA(V39F+D40Y+G41A+V54A)适应度8.045。位点41多数替换低功能，但G41A与V54A等有正上位；位点39仅L/I等少数有益，54以A/C最佳。
本轮假设
H1
exploit
在 FYAA 背景将 40Y 换为 W，测试更大芳香侧链能否增强界面接触。
D40 为表面暴露界面热点；Y/W单点均约3.9，W体积228ų大于Y 194ų，芳香性可增接触；BLOSUM62 Y-W=2，属保守替换。
H2
epistasis
在 FYAA 背景将 41A 换为 C，利用 G41C+V54A 正上位效应。
已观测 G41C+V54A 适应度3.687、上位+1.582；FYAA已含54A，Cys体积108ų、β倾向1.19；但位点41主链受限，且自由Cys需谨慎。
H3
exploit
在 FYAA 背景将 54A 换为 C，提升 β4 疏水核堆积与 β 股倾向。
位点54埋于β4疏水核；V54C单点1.41略高于A 1.37；Cys体积108ų、β倾向1.19，可维持氢键与堆积，但自由Cys风险。
H4
recombine
将 FYAA 的 39F 换为 L 或 I，重组历史有益单点 V39L/I。
V39L/I单点1.69/1.45，BLOSUM62 F-L=0/F-I=0；位点39部分埋藏，L/I疏水体积167ų，可能优化界面堆积，但FYAA中F或与40Y有芳香协同。
H5
epistasis
将 FYAA 的 39F 与 41A 换为 W 和 L，移植 V39W+G41L 强正上位。
已观测 V39W+G41L 适应度2.087、上位+3.720；39部分埋藏，W大芳香或增堆积，41主链受限，L提供疏水侧链；但双替换需在40Y/54A背景验证。
批次评价：本批集中在39/40位疏水-芳香重排，LYAA、IYAA证据最充分；FDCA因G41C单点致功能丧失应否决；含游离半胱氨酸的FYAC、MYAC需先评估二硫键与聚集风险。；该批仅LHAA，属重组探索候选；结构风险可控但适应度低于亲本，建议保留验证，不宜列为首选。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LYAA Top-1 | V39L + D40Y + G41A + V54A | 8.71 | 4.89 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| IHAA Top-3 | V39I + D40H + G41A + V54A | 7.42 | 4.71 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FWAA | V39F + D40W + G41A + V54A | 5.14 | 8.76 | llm_seed H1 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IYAA Top-2 | V39I + D40Y + G41A + V54A | 8.29 | 4.43 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| LFAA Top-5 | V39L + D40F + G41A + V54A | 5.50 | 3.90 | residue_enumeration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FYGA | V39F + D40Y + V54A | 3.92 | 5.44 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| VVAA | D40V + G41A + V54A | 3.65 | 4.50 | random_exploration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FRAA | V39F + D40R + G41A + V54A | 4.24 | 4.25 | random_exploration 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LHAA Top-4 | V39L + D40H + G41A + V54A | 7.21 | 4.10 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FYAC | V39F + D40Y + G41A + V54C | 3.25 | 3.32 | llm_seed H3 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| IYAM | V39I + D40Y + G41A + V54M | 2.43 | 1.38 | residue_enumeration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| MYAC | V39M + D40Y + G41A + V54C | 3.28 | 1.49 | residue_enumeration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
LLM-Agent+KB 第 3 轮 api 起点 FWAA = 8.76 · 候选池 512 本批最高 6.93
🔍
2192个变体中位适应度0.0207，仅11.0%超野生型。40位点单点效应最大且无低功能单点，D40W/Y/H/F有益；39、54有V39L/I、V54A/C等有益替换但多数替换低功能；41单点普遍低功能，却在组合中呈强正上位。最优FWAA达8.762。
本轮假设
H1
exploit
在位点39将F替换为L或I，提升疏水堆积并与D40W/G41A/V54A协同。
位点39部分埋藏于α螺旋-β3环，L/I疏水且β支链，BLOSUM62 V→L/I保守；已知V39L/I单点有益，可能优化界面堆积并缓解F39体积。
H2
epistasis
在位点54将A替换为C，增强β4疏水核堆积并保留G41A正上位。
位点54埋藏于β4，V54C单点1.41有益；Cys疏水性+2.5、β股倾向1.19、体积108大于A，或更匹配疏水核；谨慎自由半胱氨酸。
H3
epistasis
在位点41测试C/L/F，与V54A配对利用已观测正上位。
G41主链受限且单点风险高，但G41C+V54A上位+1.582、G41L/F与V54G正上位；替换可缓解甘氨酸张力并新增接触，L/F为激进替换需限量。
H4
explore
在位点40测试Y/H/F替换W，微调表面热点界面与电荷/芳香接触。
位点40完全暴露为界面热点，W单点最强但Y/H/F亦有益；Y/F芳香、H带正电可新增氢键/静电，BLOSUM62 D→Y/H/F均激进，需控制替换数。
H5
recombine
重组已知有益单点V39L/I与V54C，构建双突变FWAA衍生物。
V39L/I与V54C均为验证有益单点，分别改善部分埋藏环与β4核；重组可探索正上位，BLOSUM62 F→L/I、A→C温和，不引入脯氨酸。
批次评价：整体多为FWAA邻近重组，D40W/V39I等有益单点较可信；但含G41C或V39W/G41L历史失活突变者应拒。其余低预测探索候选可谨慎测试。；总体：LDAA规则最干净可优先；LYGA需关注D40Y表面风险；IDCA/FCCA因G41C明确LOF及双Cys风险不建议推进。；两候选均属高风险探索：WDFA有上位骨架和V54A支撑，略优；FDLG无已验证有益单点，应更谨慎。
| 变体 | 突变 | 预测 | 真实 | 生成来源 / 关联假设 | 入选原因 | 审查 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| FFAA Top-1 | V39F + D40F + G41A + V54A | 6.41 | 6.93 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWAA Top-3 | V39I + D40W + G41A + V54A | 5.14 | 6.04 | llm_seed H1 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| FWGA Top-4 | V39F + D40W + V54A | 5.00 | 4.95 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FHAA Top-2 | V39F + D40H + G41A + V54A | 6.00 | 5.67 | llm_seed H4 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| VYAA Top-5 | D40Y + G41A + V54A | 4.25 | 5.16 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| IWGM | V39I + D40W + V54M | 4.20 | 5.23 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LDAA | V39L + G41A + V54A | 3.33 | 3.09 | epistasis_extension 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept |
| LWGF | V39L + D40W + V54F | 3.80 | 2.83 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| LYGA | V39L + D40Y + V54A | 3.36 | 3.48 | recombine 无直接关联 |
利用：模型预测适应度最高（已做批次多样性调整） | accept_with_caution |
| FWAG | V39F + D40W + G41A + V54G | 1.82 | 6.51 | random_exploration 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| WDFA | V39W + G41F + V54A | 3.07 | 2.89 | epistasis_extension 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
| FDLG | V39F + G41L + V54G | 4.21 | 2.58 | epistasis_extension 无直接关联 |
探索：置信上界高（预测不确定度大，信息增益高） | accept_with_caution |
结果图表
进化曲线
四种策略的适应度提升、批次质量与累计命中
重复实验汇总
离线规则引擎与基线在 8 个种子下的表现
批次质量
每轮送检批次的真实适应度分布与预测误差
位点集中度
主实验推荐突变的位点分布与候选生成来源